20 июля 1957 года Совет министров СССР издал Постановление № 879 «Об организации Башкирского государственного университета на базе функционирующего Башгоспединститута». Ректором вуза был назначен Шайхулла Чанбарисов, с 1953 года руководивший БГПИ им. Тимирязева.

В первый год обучения в БашГУ функционировало четыре факультета: историко-филологический, физико-математический, химико-географический, факультет иностранных языков. В 1957 году был образован биологический факультет. В 1963 году историко-филологический факультет был разделен на исторический
и филологический, химико-географический — на химический и географический факультеты. В 1971 году создан юридический факультет — на базе Уфимского заочного факультета Свердловского юридического института.
В 1972 году произошло разделение физико-математического факультета на физический и математический.

В 90-е годы XX века образование вступило в период кризиса, который носил системный характер. В эти годы в университете формируются новые учебные структуры. С 1988 по 1992 годы географический факультет назывался географо-экономическим, в 1992 году экономический факультет стал самостоятельным. В 1990 году был организован факультет башкирской филологии и журналистики.

В 1998 году в БашГУ началась подготовка психологов — на базе Межфакультетского центра психологии (позднее МФЦ преобразован в факультет психологии). В том же году была создана Башкирская академия комплексной безопасности, целью которой стала переподготовка и обеспечение занятости военнослужащих, подлежащих увольнению в запас, граждан, уволенных с военной службы и членов их семей. В 1999 году на базе Академии был создан колледж.

В 2000 году в БашГУ был открыт факультет философии и социологии. Тогда же на базе Стерлитамакского факультета экономики и права создан Стерлитамакский филиал БашГУ. Годом позже был открыт Нефтекамский филиал Башгосуниверситета.

С 2009 года в БашГУ работает Малая академия государственного управления Республики Башкортостан.
Здесь готовят специалистов по специально разработанной программе профессиональной переподготовки «Государственное и муниципальное управление».

В 2010 году физический факультет был преобразован в физико-технический институт. Это связано с тем, что на базе факультета были открыты инженерные специальности. В 2011 году на базе химико-технологического факультета и кафедры управления качеством Академии комплексной безопасности предпринимательства БашГУ был создан инженерный факультет.

В 2012 году в состав Башкирского государственного университета включена Бирская государственная социально-педагогическая академия — в качестве Бирского филиала БашГУ. Тогда же появился Институт непрерывного образования (ИНО).

В 2017 году на базе исторического факультета и Института управления и безопасности предпринимательства создан Институт истории и государственного управления.

С 2013 года по настоящее время ректором Башкирского государственного университета является профессор Николай Морозкин.

Основной упор БашГУ делает на подготовку профессионалов в области математических, естественных наук, наук об обществе и гуманитарных наук, где университет занимает лидирующее положение в республике. Вуз и его филиалы вносят вклад в подготовку кадров в сфере инженерного дела, технологий, технических наук и педагогики.

В числе партнеров БашГУ 76 вузов дальнего и ближнего зарубежья. Университет разрабатывает и реализует с ними образовательные программы «двойных дипломов», совместные научно-исследовательские проекты, проводит международные научно-практические семинары и конференции, осуществляет программы обмена студентами и преподавателями.

На сегодняшний день у БашГУ более 100 долгосрочных соглашений о сотрудничестве с организациями и предприятиями. Одно из важных направлений — создание базовых кафедр вуза на площадках ведущих предприятий республики. Этот инструмент позволяет максимально сблизить университетское обучение с практической работой и одинаково полезен всем сторонам процесса: и студентам, и вузу, и предприятию.

С 2006 года в БашГУ работает Региональный центр содействия трудоустройству выпускников. Центр сотрудничает с органами занятости, крупными предприятиями и объединениями работодателей. Регулярно проводятся ярмарки вакансий с участием представителей разнообразных компаний, организаций и предприятий.

В Башкирском государственном университете можно не только получать образование и заниматься наукой, но и жить яркой общественной жизнью. Для этого в вузе есть студенческие творческие коллективы и клубы по интересам, спортивные секции и общественные объединения.

С 1971 года в БашГУ работает Студенческий клуб. Сегодня он объединяет больше 20 разножанровых творческих коллективов, пять из которых носят звание «народный». Опытные педагоги обучают студентов песенному, танцевальному, актерскому искусству и многому другому.

В университете более 25 спортивных секций. Это секции по бадминтону, баскетболу, боксу, борьбе курэш, волейболу, кикбоксингу, лапте, мини-футболу, настольному теннису, пауэрлифтингу, гиревому спорту, пулевой стрельбе, шахматам, шашкам, дартсу, спортивному туризму, хоккею, греко-римской борьбе и другим видам спорта.

В БашГУ есть собственный спортивный комплекс и лыжная база, открытая спортивная площадка, спортивно-оздоровительная база «Кульчум». В вузе ежегодно проводится межфакультетская студенческая спартакиада и масса других соревнований.

В течение всего года в БашГУ проходят яркие студенческие мероприятия. Все начинается в сентябре, когда на факультетах появляются новоиспеченные студенты. Для них проводится традиционная «Неделя первокурсника», которую завершает грандиозное «Посвящение в студенты». Затем наступает череда других студенческих праздников: в вузе проходят Дни культуры, музыкальные конкурсы, рок-концерты, фестивали КВН, премьеры спектаклей и многое другое. В марте приходит время «Студенческой весны», когда все факультеты на протяжении нескольких недель, а то и месяцев готовятся к самому любимому студенческому фестивалю. Каждый год открывает в университете новые таланты, и все они находят своих поклонников.

Башкирский государственный университет сегодня — это крупный образовательный и научный центр страны. За 110 лет достигнуто многое: подготовлено более 200 тысяч выпускников, налажены прочные связи с ведущими вузами и научными центрами России и мира, совершенствуется материально-техническая база, проводятся крупные международные форумы. Задача университета — войти в число лидеров в сфере образования, науки и инноваций среди российских вузов, успешно интегрироваться в мировое образовательное пространство, активно участвовать в социально-экономическом развитии региона и страны.