Горно-Алтайский государственный университет сегодня – это пять факультетов, один институт и аграрный колледж, 12 кафедр и 2 цикловые комиссии, 6 управлений и 10 центров, малое инновационное предприятие «Робионика», 13 научно-исследовательских центров и лабораторий, юридическая и ветеринарная клиники, инжиниринговый центр «ЭкоТех», музейный комплекс, агробиостанция, дендрарий. Студентов готовит высококвалифицированный профессорско-преподавательский состав, в котором большинство преподавателей – доктора и кандидаты наук.
У университета широкий спектр направленности, он готовит математиков, физиков, биологов, химиков, географов, историков, филологов, экономистов, юристов, менеджеров, бухгалтеров, агрономов, ветеринаров, психологов и педагогов. Существуют программы и по информатике, экономике, политологии, химии и охране окружающей среды, журналистике и многое другое.