Музей учредили в декабре 2015 года в качестве филиала Центрального выставочного зала «Манеж». Здесь представляется, популяризируется и исследуется изобразительное искусство, рожденное Санкт-Петербургом. Посетители могут узнать об исторических и современных художественных процессах, возникшие в пространстве города на Неве.
Музей искусства Санкт-Петербурга XX-XXI веков располагается в историческом центре города на набережной канала Грибоедова. Временные экспозиции выставляют на четырех площадках главного корпуса и во внутреннем дворике.